ราชประชา

ช่วงเรียนมัธยมปลาย พิพัฒน์ ได้มีโอกาสลงเล่นในชุดเยาวชนของสโมสรราชประชา ในการแข่งขันฟุตบอลเยาวชนควีนส์คัพ พานาโซนิค ก่อนจะได้เลื่อนขึ้นมาเล่นในทีมชุดใหญ่ของสโมสรยูคอมราชประชา ในจอห์นนีวอล์กเกอร์ไทยแลนด์ซอกเกอร์ลีก 2540 ในช่วงที่มีสุทิน ไชยกิตติเป็นผู้ฝึกสอน แต่ยังไม่อาจสอดแทรกขึ้นเป็นตัวจริงได้

ต่อมาในคาลเท็กซ์พรีเมียร์ลีก 2541 สโมสรยูคอมราชประชาเปลี่ยนผู้ฝึกสอนเป็นทพ.พิชัย ปิตุวงศ์ โดยพิพัฒน์ได้รับโอกาสลงเล่นและยิงประตูในลีกสูงสุดได้เป็นครั้งแรก ในขณะที่พิพัฒน์กำลังทำผลงานได้อย่างดีด้วยการยิงในลีกไปถึง 5 ประตู จากการลงเล่น 6 นัด เขากลับต้องประสบอุบัติเหตุถูกรถชนจนกระดูกเท้าแตกจนต้องเข้ารับการผ่าตัด และไม่สามารถลงเล่นได้ในช่วงที่เหลือของฤดูกาล โดยสโมสรยูคอมราชประชา ได้อันดับสุดท้ายของตารางและต้องตกชั้นไปเล่นในไทยลีก ดิวิชัน 1

แม้จะตกชั้นไปเล่นในดิวิชั่น 1 แต่ในการแข่งขันฮอนด้า เอฟเอคัพ ปี 2542 พิพัฒน์ ต้นกันยา ก็เป็นกำลังสำคัญพาสโมสรผ่านเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศไปพบกับสโมสรธนาคารกสิกรไทย ก่อนจะแพ้ไป 1-0 ได้ตำแหน่งรองแชมป์ไปครอง

การลงเล่นในดิวิชั่น 1 แม้พิพัฒน์ จะพัฒนาการยิงประตูได้จนเป็นตัวหลักของสโมสรแต่ก็ไม่อาจช่วยให้ราชประชาเลื่อนชั้นกลับขึ้นไปเล่นในไทยพรีเมียร์ลีกได้ และตัดสินใจย้ายออกจากสโมสรในปี พ.ศ. 2545

วี-ลีก เวียดนาม

พิพัฒน์ ต้นกันยา ย้ายมาเล่นฟุตบอลในวี-ลีก ประเทศเวียดนาม ฤดูกาล 2546 ให้กับสโมสรบิ่ญดิ่ญ โดยเป็นที่จดจำจากการยิงแฮตทริก ได้ในวี-ลีก นัดที่เปิดสนามกีฬากวีเญิน เอาชนะสโมสรแถคอง 4-0 เมื่อวันที่ 21 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2546 [1] และพาสโมสรผ่านเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศเวียดนาม เอฟเอคัพ โดยในนัดชิงชนะเลิศกับสโมสรธนาคารด่งอ๋า พิพัฒน์ ต้นกันยา เป็นกำลังสำคัญที่ช่วยให้สโมสรคว้าชัยชนะ 2-1 และคว้าแชมป์เอฟเอคัพได้สำเร็จ นอกจากนี้ยังคว้ารางวัลรองดาวซัลโว วี-ลีก ประจำฤดูกาล 2546 ที่จำนวน 9 ประตู

หลังประสบความสำเร็จกับสโมสรบิ่ญดิ่ญ พิพัฒน์ย้ายมาเล่นให้กับสโมสรเดลต้า ด่งท้าป ในปี 2548

บีอีซี เทโรศาสน

ปี พ.ศ. 2549 พิพัฒน์ ต้นกันยา ย้ายกลับมาเล่นฟุตบอลในประเทศไทย โดยย้ายมาร่วมทีมบีอีซี เทโรศาสน ที่มีเดวิด บูธ โค้ชชาวอังกฤษ เป็นผู้ฝึกสอนอยู่ในขณะนั้น และสร้างผลงานการยิงประตูได้อย่างยอดเยี่ยมด้วยการคว้าตำแหน่งดาวซัลโวไทยแลนด์พรีเมียร์ลีก 2549 โดยยิงในลีกไป 12 ประตู และพาสโมสรจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 3

ต่อมาในฤดูกาล 2550 สโมสรเปลี่ยนโค้ชเป็นรีจิส ลากัสเซ่ กุนซือชาวฝรั่งเศส และพิพัฒน์ ยิงในลีกฤดูกาลนี้ได้ 8 ประตู โดยเล่นในแดนหน้าร่วมกับอานนท์ สังสระน้อย และธีรเทพ วิโนทัย แต่ยังไม่อาจพาทีมคว้าแชมป์ได้ โดยได้อันดับ 3 อีกครั้ง

การไฟฟ้าส่วนภูมิภาค

ฤดูกาล 2551 พิพัฒน์ ย้ายมาเล่นให้กับสโมสรฟุตบอลการไฟฟ้าส่วนภูมิภาค ภายใต้การคุมทีมของประพล พงษ์พาณิช และได้ลงสนามนัดแรกเมื่อวันที่ 17 กุมภาพันธ์ ในนัดที่พบกับสโมสรโค้ก-เทศบาลตำบลบางพระ ที่สนามกีฬากลางจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ในการลงสนามนัดแรกพิพัฒน์ ก็ยิงประตูได้ทันที โดยในนัดดังกล่าวเขายิง 1 ประตู ช่วยให้สโมสรเปิดบ้านชนะไป 2-1 [2]

ภูเก็ต เอฟซี

พิพัฒน์ ต้นกันยา ย้ายมาเล่นให้กับสโมสรภูเก็ต เอฟซี ในระดับไทยลีก ดิวิชัน 1 ในฤดูกาล 2558[3] โดยลงสนามให้สโมสรเป็นครั้งแรกเมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ ในนัดที่บุกไปชนะสโมสรตราด เอฟซี 1-0 ที่สนามกีฬากลางจังหวัดตราด และมายิงประตูแรกให้ภูเก็ตได้เมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2558 ในนัดที่ออกไปแพ้สโมสรสุโขทัย เอฟซี 5-2 ที่สนามทุ่งทะเลหลวง